A lapot Pethő Sándor Hegedűs Gyulával alapította 1938. augusztus 25-én, miután több munkatársával együtt kilépett az 1920 óta működő (általa és Milotay István által alapított) Magyarság című lapból, melyet ekkor a laptulajdonos nemzetiszocialista lappá nyilvánított. Ahogy a Magyarság, úgy a Magyar Nemzet is jobboldali, mégis legfőképpen náciellenes lap volt, ennél fogva sokszínű szellemiséget képviselt és legfontosabb fóruma lett a náci befolyást ellenzőknek.
A politikai napilap első számában Pethő Sándor alapító főszerkesztő nagyívű indító vezércikkében vázolta a lap vállalt küldetését:
„Annak az Európának hangja vagyunk, amely befogadott bennünket és elfogadta áldozatainkat, hogy elismerje értük polgár- és életjogunkat és senki mással nem pótolható szerepünket és hivatásgondolatunkat a Dunamedencében. Annak az Európának viszhangja vagyunk, amelytől kaptuk a keresztet, hogy e jelben mindig győzedelmeskedni tudjunk balsorsunk fölött s hogy elviselhessük embertelen megpróbáltatásaink súlyát. Annak az Európának szava, amely gyakran félreértett, sokszor feláldozott és cserbenhagyott bennünket, de amelynek legnemesebb szellemei mindig vállalták hozzájuk való lelki tartozandóságunk kötelmeit s amely a maga értékrendszerében a legutóbbi időkig tisztes helyet biztosított egy magános nemzetnek, amely európai módon akarja élni a maga hősi, humánus és tevékeny életét. De elsősorban hangja vaggnnk annak a magyar szellemnek, amelg sose futamodott meg a maga vészes és dicső hivatásának teljesítése elől, amely éppen azáltal vált naggyá, sőt gyakran óriásivá, hogy egy pillanatig sem tántorodott meg e misszió dicsőséges terhének viselésében, melyben tündöklő tehetségei és csodálatos áldozatai érvényesültek.”
Hamar nagy népszerűségre tett szert, s olyan neveket tudhatott munkatársai közt, mint Szekfű Gyula, Barankovics István, Lendvai István vagy Márai Sándor. Bár a lapot többször felfüggesztették, véglegesen csak a német megszállást követően tiltották be, mikor is 1944. március 22-én a Gestapo feldúlta a lap szerkesztőségét. Csak 1945. május 1-jétől tudott újraindulni a lap.
A pártállami időkben a lapot ugyan be nem tiltották, önálló, pontosabban a rendszert bíráló politikai álláspontot nem közölhetett le, a kormány hivatalos politikai álláspontját volt köteles megírni. Munkatársai közül sokan emigráltak, a Magyarországon maradtak pedig a létrejött körülményekhez mérten igyekeztek legalább részleges függetlenséget elérni, az elnyomás azonban nem engedett ilyen jellegű törekvéseknek. 1953-tól a lap Nagy Imrét és kormányát támogatta Rákosi Mátyással szemben.
1954-ben a Hazafias Népfront lapjának nevezték ki, s ilyen minőségében volt jelen hivatalosan egészen a rendszerváltásig. 1956-ban felvállalta a Petőfi-kör népszerűsítését, majd október 23-ától a forradalom vezető sajtóorgánuma és egyben a második Nagy Imre-kormány félhivatalos lapja lett. November 4-től azonban nem jelenhetett meg a lap egészen 1957 szeptemberéig. Ezt követően, a kádári szocializmus alatt nyílt fokozatosan több lehetősége a Magyar Nemzetnek a hatalom által megszabott keretek lassú, óvatos tágítására, így – bár nyíltan ellenzéki nyilván senki nem lehetett – óvatos, riportok, publicisztikák sorai közt megbúvó véleménynyilvánításra is. Az újság egyébként ez idő tájt is leginkább az értelmiség lapjának számított, külpolitikai és kulturális hírek és publicisztikák közlésében számított elsősorban jelentősnek.
Szellemiségbeli folytonosságot mutat a lap történetében, hogy 1973-tól az alapító Pethő Sándor fia, Pethő Tibor lett a lap főszerkesztője közel tíz éven át, aki később, 1990-től egészen 1996-ban bekövetkezett haláláig szintén vezetője volt a lapnak.
Jelentős sajtótörténeti esemény volt Illyés Gyula 1977-es karácsonyi cikke az addig tabutémának számító erdélyi magyarság ügyéről. 1987-ben a Magyar Nemzet elsőként és egyedüliként készített interjút (az egyébként akkoriban épp a Hazafias Népfront főtitkáraként is ismert) Pozsgay Imrével a Lakiteleki találkozóval és a Magyar Demokrata Fórum megalakulásával kapcsolatban. A Magyar Nemzet vezető szerepet vállalt 1988-1989-ben a rendszerváltás ügyében is.
Közvetlenül a rendszerváltás utáni időkben a Magyar Nemzet számított talán a leghitelesebb lapnak, ám nem sokkal később két jelentős problémával kellett szembesülnie. Egyrészt gondot okozott, hogy az eddig viszonylag egységes álláspontot képviselő és látszólag csupán árnyalataikban eltérő nézőpontok a lapon belül immár szembekerültek egymással, olyannyira, hogy az országos politikai helyzet elmérgesedésétől nem függetlenül kibékíthetetlen belső viták alakultak ki. Másrészt a lapprivatizáció problémája is jelen volt, vagyis hogy az addig állami tulajdonban lévő lapokat ki vásárolja fel.
1996-ban, a Horn-kormány ideje alatt a Postabank lett a lap tulajdonosa. Ez idő tájt a lap egy mérsékelt, független jobboldali lapként működött, szerkesztői bizottsága is újjáalakult. 2000-ben egy sokat vitatott fordulat következett be a lap történetében: a Magyar Nemzet egyesült a Napi Magyarország nevű, jóval erősebb hangvételű, jobboldali lappal.
Az újság elsősorban a címlapon is Pethő Sándorra hivatkozik, akinek konzervatív, polgári hozzáállását követendő mintának tartja. A lap hozzáállása mindig a jelenkori politikai lehetőségeknek, helyzetnek megfelelően alakult. A Magyar Nemzet a hagyományos konzervatív értékrend alapvető fogalmait tekinti alapelvének, és ennek megfelelően igazodik a jelenhez.
Indulásakor a lap mérsékelten konzervatív beállítottságú volt, konkrét párthoz való kötődés nélül, és ez mindmáig így is maradt. Az egypártrendszeri időkben nagyrészt a Hazafias Népfront lapjaként működött. A rendszerváltást követő belső nézeteltérések különböző ideológiai kötődések miatt alakultak ki, így a lap nyilván nem lehetett teljesen elkötelezett semmilyen párt irányába, hisz nem volt egységes álláspontja sem. 1996-os felvásárlását követően felvethető a tulajdonos Postabank állami jellegénél fogva, hogy az aktuális vezető pártok (1998-ig az MSZP–SZDSZ, 1998-tól a Fidesz) ezen keresztül esetleg valamilyen hatással voltak a lapra. A 2000-es egyesülést követően támogatta a Fidesz – Magyar Polgári Szövetséget, 2015-ben, amikor a kormánypárttal megszakadt a kapcsolata, függetlenné vált.
Hagyományosan konzervatív lap, azonban nem zárkózik el esetlegesen a laptól eltérő vélekedésű véleménynyilvánítás, vitaindítónak tekinthető cikkek leközlésétől sem. Szerepét tekintve előbb a 2000-es egyesülést követően változott: ezt követően jóval nagyobb hangsúlyt fektetnek tényfeltáró, leleplező riportokra, cikkekre, mint annak előtte, valamint olyan témákra, melyről máshol, mások nem írnak.
2015. februárját követően a lap politikai irányultságát tekintve eltávolodott a Fidesztől. A váltást követően kinevezett új lapvezetés célul tűzte ki a pártoktól független, a politikai szereplőktől egyenlő távolságot tartó, a minőségi újságírás nyugati hagyományait követő szerkesztőségi munkát.
Bár a lap formáját tekintve az idők során változott, a logó a kezdetektől változatlan. Ugyanaz a betűtípus (bodoni antiqua), mellyel egyébként a Tizenkét pont főcímét nyomtatták az 1848-as forradalomban. A napilap sokáig a magyar lappiacon egyedüliként fekete-fehér nyomásban jelent meg. Ma már azonban a többi napilaphoz hasonlóan színes: 2016. október 22-én, Lovasi Eszter művészeti vezető tervei alapján, tipográfiailag is teljesen megújult, ma az online kiadásssal együtt közös szerkesztőség készíti a lapot.
